Scheda evento

Informazioni generali

Titolo	The eLearning course for Food Microbial Bioinformatician - Module 2: Bioinformatics pathway (FULL)
Tipologia	Fad e-learning (FAD)
Provider	IZS dell'Abruzzo e del Molise "G. Caporale"
Edizione	1
Evento ECM	No

Comune / stato estero di svolgimento	-
Luogo di svolgimento	-
Data inizio	29/03/2021
Data fine	15/09/2021
Quota di partecipazione	-

Presentazione

This module provides with an introduction to programming languages and to WGS data, deals with the various phases of the Dry Lab, as WGS data and comparative analysis, and related bioinformatic tools. Units: 2.1 Priming on Linux 2.2 WGS data 2.3 Data analysis 2.4 Visualization tools Duration: 300 hours

Obiettivi

Obiettivi generali	Acquisire competenze per l'analisi e la risoluzione dei problemi nei vari contesti Acquisire conoscenze teoriche e aggiornamenti

Professioni e discipline alle quali è destinato l'evento

Veterinario - Tutte le discipline
Biologo - Biologo
Medico chirurgo - Tutte le discipline
Tecnico sanitario di laboratorio biomedico - Tecnico sanitario di laboratorio biomedico

Responsabili scientifici

Cognome e Nome	Qualifiche	Competenze professionali
Pomilio Francesco	Reparto di Igiene degli alimenti e dell’alimentazione animale	Veterinario Dirigente Responsabile

Corpo docente

Cognome e Nome	Ruolo	Professione	Disciplina (o qualifica)	Sostituto/a
Di Pasquale Adriano	Docente	Altre professioni	Non specificata	Nessuno
Mangone Iolanda	Docente	Biologo	Biologo	Nessuno
Rinaldi Antonio	Docente	Altre professioni	Non specificata	Nessuno
chiaverini alexandra	Docente	Veterinario	Igiene, prod, trasf, commercializ conserv e trasporto alimenti di origine animale e derivati	Nessuno
Radomski Nicolas	Docente	Altre professioni	Non specificata	Nessuno
DI MARCANTONIO LISA	Docente	Biologo	Biologo	Nessuno
Garofolo Giuliano	Docente	Veterinario	Sanità animale	Nessuno
Torresi Marina	Docente	Biologo	Biologo	Nessuno
KRASTEVA IVANKA MARINOVA	Docente	Altre professioni	Non specificata	Nessuno
LUCIANI MIRELLA	Docente	Altre professioni	Non specificata	Nessuno

Sintesi del programma

Unit	Contents
Unit 2.1	Priming on Linux
Learning objectives	At the end of the unit, the student will know: Linux computing environment and programminglanguages how to use existing tools to solve common bioinformaticsproblems how to reformat data with regularexpressions how to use program like grep and cat to handle text files through Unix commandlines how to carry out combining and automatinganalyses how to install software on own pc and relativedependancies how to work on remotecomputers basic programming with UNIX andPython how to manage adatabase
Topics	Index Intro Introduction to Linux information system Introduction to Shell Text files management Installing software Working on remote computers Programming with Unix and Python

	Database management system. Basic concepts In depth contents Summary Test
Unit 2.2	WGS data
Learning objectives	At the end of the unit, the student will know: several outputs and formats of the WGSdata how to manipulate information anddata how to download a sequence from publicdatabases
Topics	Index Intro Data format Data storage Access to public databases In depth contents Summary Test
Unit 2.3	Data analysis
Learning objectives	At the end of the unit, the student will know principles and tools: for quality assessment andtrimming forassembly for alignment or sequencesearching formapping for assemblyrefinement for assembly statistics and qualityassessment for species and subtypingidentification forannotation for virulence geneprediction for antimicrobial resistancegenes for variantcalling for phylogeneticanalysis

	for comparative genomictools for 16S dataanalysis for shotgun dataanalysis for trascriptomics dataanalysis for proteomics dataanalysis
Topics	Index Intro WGS Data analysis Comparative analysis Metagenomics Data analysis Transcriptomics data analysis Proteomics data analysis In depth contents Summary Test
Unit 2.4	Visualization tools
Learning objectives	At the end of the unit, the student will be able to use several programs for visualisation of analysis outputs
Topics	Index Intro Several programs for visualization of analysis outputs In depth contents Summary Test

Didattica

Lingua d'insegnamento	Inglese
Traduzione simultanea	No
Materiale durevole consegnato ai discenti	Nessuno
Modalità di verifica dell'apprendimento	Questionario con quesiti a scelta quadrupla con singola risposta esatta
Tempo di formazione totale (hh:mm)	300:00
Frequenza minima	90%