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Informazioni generali

Titolo The eLearning course for Food Microbial Bioinformatician - Module 2: Bioinformatics pathway (FULL)
Tipologia Fad e-learning (FAD)
Provider IZS dell'Abruzzo e del Molise "G. Caporale"
Edizione1
Evento ECM No
Comune / stato estero di svolgimento -
Luogo di svolgimento -
Data inizio 29/03/2021
Data fine 15/09/2021
Quota di partecipazione -

Presentazione

This module provides with an introduction to programming languages and to WGS data, deals with the various phases of the Dry Lab, as WGS data and comparative analysis, and related bioinformatic tools. Units: 2.1 Priming on Linux 2.2 WGS data 2.3 Data analysis 2.4 Visualization tools Duration: 300 hours

Obiettivi

Obiettivi generali
  • Acquisire competenze per l'analisi e la risoluzione dei problemi nei vari contesti
  • Acquisire conoscenze teoriche e aggiornamenti

Professioni e discipline alle quali è destinato l'evento

  • Veterinario - Tutte le discipline
  • Biologo - Biologo
  • Medico chirurgo - Tutte le discipline
  • Tecnico sanitario di laboratorio biomedico - Tecnico sanitario di laboratorio biomedico

Responsabili scientifici

Cognome e nome Qualifiche Competenze professionali
Pomilio FrancescoReparto di Igiene degli alimenti e dell’alimentazione animaleVeterinario Dirigente Responsabile

Corpo docente

Cognome e nome Ruolo Professione Disciplina Sostituto/a
Di Pasquale AdrianoDocenteAltre professioniNon specificataNessuno
Mangone IolandaDocenteBiologoBiologoNessuno
Rinaldi AntonioDocenteAltre professioniNon specificataNessuno
chiaverini alexandraDocenteVeterinarioIgiene, prod, trasf, commercializ conserv e trasporto alimenti di origine animale e derivatiNessuno
Radomski NicolasDocenteAltre professioniNon specificataNessuno
DI MARCANTONIO LISADocenteBiologoBiologoNessuno
Garofolo GiulianoDocenteVeterinarioSanità animaleNessuno
Torresi MarinaDocenteBiologoBiologoNessuno
KRASTEVA IVANKA MARINOVADocenteAltre professioniNon specificataNessuno
LUCIANI MIRELLADocenteAltre professioniNon specificataNessuno

Sintesi del programma

Unit

Contents

Unit 2.1

Priming on Linux

Learning objectives

At the end of the unit, the student will know:

  • Linux computing environment and programminglanguages
    • how to use existing tools to solve common bioinformaticsproblems
    • how to reformat data with regularexpressions
  • how to use program like grep and cat to handle text files through Unix commandlines
    • how to carry out combining and automatinganalyses
    • how to install software on own pc and relativedependancies
      • how to work on remotecomputers
    • basic programming with UNIX andPython
    • how to manage adatabase

Topics

Index Intro

Introduction to Linux information system Introduction to Shell

Text files management Installing software

Working on remote computers Programming with Unix and Python

 

Database management system. Basic concepts In depth contents

Summary Test

Unit 2.2

WGS data

Learning objectives

At the end of the unit, the student will know:

  • several outputs and formats of the WGSdata
  • how to manipulate information anddata
  • how to download a sequence from publicdatabases

Topics

Index Intro

Data format Data storage

Access to public databases In depth contents Summary

Test

Unit 2.3

Data analysis

Learning objectives

At the end of the unit, the student will know principles and tools:

  • for quality assessment andtrimming
  • forassembly
  • for alignment or sequencesearching
  • formapping
  • for assemblyrefinement
  • for assembly statistics and qualityassessment
  • for species and subtypingidentification
  • forannotation
  • for virulence geneprediction
  • for antimicrobial resistancegenes
  • for variantcalling
  • for phylogeneticanalysis

 

  • for comparative genomictools
  • for 16S dataanalysis
  • for shotgun dataanalysis
  • for trascriptomics dataanalysis
  • for proteomics dataanalysis

Topics

Index Intro

WGS Data analysis Comparative analysis Metagenomics Data analysis Transcriptomics data analysis Proteomics data analysis

In depth contents Summary

Test

Unit 2.4

Visualization tools

Learning objectives

At the end of the unit, the student will be able to use several programs for visualisation of analysis outputs

Topics

Index Intro

Several programs for visualization of analysis outputs In depth contents

Summary Test

Didattica

Lingua d'insegnamento Inglese
Traduzione simultanea No
Materiale durevole consegnato ai discenti Nessuno
Modalità di verifica dell'apprendimento Questionario con quesiti a scelta quadrupla con singola risposta esatta
Tempo di formazione totale (hh:mm) 300:00
Frequenza minima 90% del tempo di formazione

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